Nipt logo

Przebieg badania

Badania NIPT są badaniami nie wymagającymi formalnie skierowania od specjalisty. Ogólnie badanie, niezależnie od producenta testu, przebiega wg następującego schematu:

Wybór/dobór rodzaju testu NIPT

Na podstawie danych na naszym portalu czy też stronach producentów NIPT, można przedyskutować możliwe opcje z ginekologiem prowadzącym ciążę, który o ile to możliwe powinien pomóc dobrać rodzaj testu, szczególnie jeśli u ciężarnej istnieją czynniki mogące zakłócić prawidłowy wynik (patrz przeciwwskazania). Wybór testu NIPT ostatecznie należy do ciężarnej.

Dostępność badania i czas oczekiwania na wynik

Miejsce pobrania materiału do badania, zależy od tego czy dany gabinet ginekologiczny oferuje współpracę w tym zakresie z danym producentem testu NIPT. Na naszej stronie znajdziesz listę placówek współpracujących wykonujących dany test NIPT. Czas oczekiwania na wynik to około 2 tygodnie.

Pobranie materiału do badania

Materiałem do badania jest krew obwodowa pacjentki, pobrana z żyły w tzw. zgięciu łokciowym. Ilość pobranej krwi zależy od typu testu ale zazwyczaj nie przekracza 20 ml, co jest nieznacznie więcej niż 1 duża łyżka stołowa i jest całkowicie bezpieczne dla ciężarnej jak i rozwijającego się płodu. 
Do badania nie trzeba się przygotowywać w jakiś szczególny sposób, podobnie jak w przypadku innych testów genetycznych, nie trzeba być na czczo. Wskazane jest utrzymanie dobrego nawodnienia organizmu, co jest i tak koniecznością w trakcie trwania ciąży, aby ułatwić pobranie wymaganej próbki krwi.
Pobrana krew jest wysyłana do laboratorium w Polsce, lub poza granicami kraju, w zależności od wykonywanego testu.

 Analiza genetyczna

Co to jest wolne DNA płodowe (cffDNA)?
Krew ciężarnej (a dokładniej osocze) zawiera mieszaninę wolnego DNA pochodzenia matczynego i ‘płodowego’. W trakcie tworzenia się zarodka, część jego komórek tworzy tzw. trofoblast – warstwę zewnętrznych komórek błony płodowej (kosmówki), która łącząc się z komórkami błony śluzowej macicy tworzy łożysko. Część komórek łożyska, w trakcie jego dalszego rozwoju podlega fizjologicznemu procesowi programowalnej śmierci komórek (tzw. apoptozy), a wraz z nim  wolne DNA płodowego uwalniane jest do krwiobiegu matki. Łożysko, dzięki swojej budowie, zapewnia odpowiednią powierzchnię wymiany oraz zapewnia aktywny transport związków wielkocząsteczkowych, w tym cffDNA do naczyń krwionośnych ciężarnej.

Proporcja między ilością wolnego pozakomórkowego DNA (cfDNA) pochodzącego od płodu a tym od matki, nazywana jest frakcją płodową. Jest to bardzo istotny współczynnik, gdyż poniżej pewnego poziomu frakcji płodowej, nie jest możliwe przeprowadzenie testu NIPT. Każdy z testów NIPT ma specyficzne wymaganie dotyczące minimalnej frakcji płodowej.

Metodologia badania
Jest to jeden z etapów, na którym występują różnice metodologiczne między producentami testów NIPT. Różnice w głównej mierze dotyczą stosowanej platformy sekwencjonowania, zależnej od dostawcy technologii, tj. inżynierii oraz stosowanych odczynników. 
Sekwencjonowanie to proces, który polega na odczytywaniu sekwencji, tzn. z jakich kolejnych nukleotydów składa się dany odcinek DNA. 
cfDNA zarówno pochodzenia matczynego jak i płodowego, składa się z krótkich odcinków (150-200 par zasad), które są izolowane z osocza krwi ciężarnej. Producenci testów NIPT wykorzystują swoiste rodzaje używanych technologii sekwencjonowania dostarczonych przez specjalistyczne laboratoria:

  • Sekwencjonowanie NGS (ang. next generation sequencing), spotykana również nazwa MPSS (ang. massive parallel shotgun sequencing), masowe sekwencjonowanie równoległe typu ‘shotgun’.

W procesie sekwencjonowanie nowej generacji (ang. NGS), pierwsze 36 par zasad cfDNA zostaje poddane sekwencjonowaniu, a następnie gdy ich sekwencja kolejnych nukleotydów jest znana – jest ona porównywana z bazą zawierającą kompletną sekwencję ludzkiego genomu (w dużym uproszczeniu, baza zawierająca informację o kolejności wszystkich par zasad tworzących ludzki materiał genetyczny). Proces ten zwany mapowaniem (ang. mapping), pozwala uzyskać informację, z którego chromosomu pochodził badany fragment 36 par zasad, zwany znacznikiem (ang. tag).
Kiedy są zmapowane, ‘znaczniki’ mogą zostać przeliczone aby określić stan ploidalności chromosomu (ilość chromosomów w komórce). Przykładowo, gdy porówna się względną ilość znaczników (w porównaniu do prawidłowej ilości chromosomów) w badanej próbce to w przypadku spadku ilości obserwuje się monosomie a  przypadku wzrostu ilości, trisomie

  • Sekwencjonowanie celowane, wykorzystujące SNP (ang. single nucleotide polymoprhism, polimorfizm pojedynczego nukleotydu) oraz DANSR (ang. digital analysis of selected regions, cyfrowa analiza wybranych regionów)

Poprzez analizę SNP, oddzielany jest sygnał cfDNA płodowego od matczynego i obliczana frakcja płodowa. W połączeniu z metodą DANSR™ pozwala na przeprowadzenie analizy cfDNA z chromosomów będących przedmiotem zainteresowania, a następnie jest do wykorzystywane w biostatystycznej analizie wyników aby ocenić stopień ryzyka wystąpienia danej aberracji. Przy tej metodzie analizowane są specyficzne chromosomy, głównie pod kątem trisomii 13, 18 i 21.

  • Sekwencjonowanie celowane, wykorzystujące SNP 

SNP, to są charakterystyczne dla danej osoby różnice w sekwencji DNA obejmującej pojedynczy nukleotyd, w porównaniu do innej osoby lub drugiego chromosomu danego osobnika. W tej metodzie NIPT przeprowadza się dokładną analizę frakcji płodowej, poprzez izolacją i analizę cfDNA matczynego, które występuje samodzielnie we frakcji kożuszka leukocytarno-płytkowego krwi a następnie odjęciu jej jako sygnał tła od analizy mieszaniny cfDNA matczynego i płodowego w osoczu. Sekwencjonowanie celowane pozwala uzyskać informację o dokładnym SNP oraz pozwala uzyskać informację o ilości kopii chromosomu.

Opracowanie wyniku

Opracowanie wyniku opiera się na metodach wyższej analizy statystycznej, określanej mianem algorytmów. Algorytmy są ciągiem zdefiniowanych analiz statystycznych, uwzględniających szereg   
różnych specyficznych czynników aby uzyskać jak najdokładniejszy wynik końcowy – określenie ryzyka wystąpienia danej wady.
Stosowane algorytmy są zależne od dostawcy testu NIPT i są kolejnym wyróżnikiem danego testu, poza technologią sekwencjonowania.
Algorytmy pozwalają na podniesienie poziomu czułości testu NIPT, np. w przypadku niewielkiej frakcji płodowej, mogą uwzględniać wiek matki, wiek ciążowy i inne specyficzne czynniki w trakcie opracowywania wyniku.

Przesłanie wyniku do placówki, w której nastąpiło pobranie materiału do badaniach

Wynik, w postaci ułamka z kalkulacją ryzyka wystąpienia wybranych, zależnych od rodzaju testu NIPT, aberracji chromosomowych jest udostępniany placówce, w której został pobrany materiał na badanie. Wynik badania jest każdorazowo dostępny do wydania w placówce. Czas oczekiwania na wynik różni się od producenta i typowo wynosi około 9-10 dni roboczych.
 

Do góry